Der Held der Zeit verschwand durch Zeldas Wirken in Ocarina of Time. Als Ganondorf zurückkehrte, um Hyrule erneut zu terrorisieren, gab es daher niemanden, der ihn stoppen konnte. Schließlich griffen die Göttinnen von Hyrule ein: Din, Nayru und Farore befahlen einigen Bewohnern Hyrules, Zuflucht auf den höchsten Bergspitzen zu suchen. Anschließend versteinerten sie das Königreich, umgaben es mit einem Kraftfeld und ließen es in einer Sintflut von einem Meer bedecken. Die Bergspitzen Hyrules wurden dadurch zu Inseln in einem Meer, auf denen das Volk weiterleben konnte. Ganondorf wurde mit Hyrule zusammen gebannt.